Die zweite Art von Höhlen, die in Gletschern vorkommen, sind die Gletschermühlen. In ihnen verschwinden die Bäche, die auf der Oberfläche des Gletschers fliessen. Die Gletscherbäche sammeln das Schmelzwasser zusammen, das im Eis nicht versickern kann, sondern oberirdisch abfliesst, bis es in einer Gletscherspalte verschwindet. Hier können diese Bäche in die Tiefe dringen, und durch ihre Wärme erweitern sie die Spalte zu einem runden, senkrechten Eisschacht. Solche Schächte sind meistens zwischen 10 und 40 m tief. Anschliessend fliesst das Wasser relativ eben am Grund der Gletscherspalte in den Gletscher ab. Diesen Bächen kann man oft ein Stück weit folgen. Häufig erschwert dann eine Stufe, über die der Bach in die Tiefe stürzt, das weitere Vordringen.
Gletschermühlen entstehen an Gletscherspalten typischerweise da, wo der Gletscher nach einem flacheren Stück wieder steiler abfällt und durch die konvexe Wölbung an der Oberfläche Spalten bildet. Sie brauchen eine Mindestmenge an Wasser und werden vom Bach offengehalten, auch wenn sich die Spalte durch die Gletscherbewegung wieder schliesst. Ein Rest der Gletscherspalte, an der die Gletschermühle entstanden ist, ist häufig noch zu erkennen.