Höhlen sind Wasserwege. Das wird besonders bei Hochwasser deutlich. Es ist beeindruckend zu sehen, aus wie vielen Eingängen und unscheinbaren Löchern das Wasser hervorquillt. Da gibt es kleine Spalten und Löcher auf der Wiese oder mitten im Wald, die bei Hochwasser zu Quellen werden. Oder der normale Zugangsweg zur Höhle ist nun ein grosser Bach, den man auch mit Gummistiefeln nicht trockenen Fusses überqueren kann (Beispiele: Grotte de Sainte Catherine, Grotte de la Baume Archée). Da muss man sich dann andere Wege suchen, um zum Eingang zu gelangen. Glücklicherweise haben manche Höhlen Nebeneingänge, die man bei Hochwasser benutzen kann.
Manche Höhlen, die von einem kleinen Bach durchflossen werden, reagieren kaum auf Hochwasser, ihr Wasserstand steigt also nur wenig. In anderen Höhlen dagegen kann das Wasser, wie im Gouffre du Puits Fenoz, um mindestens 50 m steigen und dabei das gesamte Höhensystem überfluten. Daher darf man solche Höhlen nur bei passendem Wetter befahren.
Das Wasser, das bei Hochwasser aus der Grotte de la Baume bei Sancey-le-Grand kommt, verschwindet im Gouffre du Puits Fenoz bei Chazot wieder. Bei Niedrigwasser kann man in diesem einen 40 m-Schacht befahren, was bedeutet, dass das Wasser bei Hochwasser mindestens 50 m ansteigt. Ein Stück talabwärts kommt es dann im Creux des Alloz bei Vellevans wieder hervor. Das ist ein grosser Lehmtrichter, der sich von unten her mit Wasser füllt und die Quelle eines grossen Baches wird. Dieser vereinigt sich weiter talabwärts bei Cusance mit den Bächen der Source Bleu und Source Noir zur Cusance, die dann als normaler Bach in den Doubs fliesst. Während die Source Noir stark auf das Hochwasser reagiert, sind die Änderungen bei der Source Bleu geringer. Bei Niedrigwasser fliesst das Wasser die gesamte Strecke unterirdisch, bis es in der Source Bleu und der Source Noir austritt.